Sovellusten osalta magneettipalloja voidaan käyttää lasten älylliseen kehitykseen, mikä auttaa heitä ymmärtämään geometrisia muotoja ja tilarakenteita; niitä voivat käyttää myös aikuiset lievittämään stressiä, jolloin he voivat rentoutua pelaamalla magneettipalloilla; Lisäksi magneettipalloja käytetään tieteellisissä kokeissa magneettikenttien ja voimien perusperiaatteiden osoittamiseen.
Magneettipalloja käytettäessä on huomioitava seuraavat seikat: Ensinnäkin, koska magneettipalloilla on voimakas magnetismi, vältä niiden sijoittamista elektronisten laitteiden lähelle, jotta ne eivät häiritse niiden normaalia toimintaa. toiseksi magneettipallot eivät sovellu pienille lapsille, koska vahingossa tapahtuva nieleminen voi aiheuttaa vakavia terveysongelmia; Vältä lopuksi magneettipallojen pitkäaikaista altistumista korkeille lämpötiloille, koska tämä voi vaikuttaa niiden magnetismiin.